Miljømål for Mossesundet ble vedtatt av bystyret i Moss 09.11.2015. Overordnet miljømål for Mossesundet er: 
”Mossesundet skal være i god økologisk tilstand og ha en vannkvalitet som tilfredsstiller alle som bruker sundet”. 

Vannforskriften, som er gjennomføringen av EUs vanndirektiv i norsk lovverk regional, er også styrende for oppryddingen av miljøgifter i sjøbunnen i Mossesundet. 
I tillegg gir  Helhetlig tiltaksplan for Oslofjorden, som er tiltaksplan utarbeidet av Miljødirektoratet og vedtatt av regjeringen i 2021, føringer til oppryddingen av miljøgifter i sjøbunnen i Mossesundet. Les mer om denne tiltaksplanen på våre nettsider om lokal oppfølging av Helhetlig tiltaksplan for Oslofjorden.