Mossesundet kom ikke på prioriteringslisten over de 17 lokasjoner hvor det skulle bevilges penger til opprydding. Moss kommune sendte i 2008 likevel inn en søknad til Miljødirektoratet (den gang Klif) om midler til å kartlegge sjøbunnen i Mossesundet. Penger ble bevilget og kartleggingen ble gjennomført. Prosjektet frem til 2015 var et samarbeid mellom Moss kommune, Fylkesmannen i Østfold og Vannområdet Morsa. Av ulike grunner, blant annet mangel på økonomiske midler, stoppet prosjektet opp. 

Mossesundet er en del av Oslofjorden, som er i svært dårlig forfatning. Det er nå et høyt fokus på å redde Oslofjorden og Klima- og miljødepartementet har fått utarbeidet en helhetlig tiltaksplan for fjorden. Planen beskriver en rekke tiltak innen flere områder for å oppnå god miljøtilstand i fjorden. Et av tiltakene er opprydding av miljøgifter. Her kommer opprydding av Mossesundet inn. 

Kommunen fikk i april 2022 bevilget midler fra Miljødirektoratet og har dermed gjenopptatt prosjektet. Prosjektet er i undersøkelsesfasen. Når undersøkelsene er gjort, skal tiltakene detaljprosjekteres og Statsforvalteren søkes om tillatelse til gjennomføring.

Prøver av sjøbunnen viser at den er svært forurenset av miljøgifter, og utgjør en risiko for det marine livet. Forurensningen kommer hovedsakelig fra den gamle industrien som har vært langs sundet. 

Mer info om forurenset sjøbunn og prosjekter om opprydding av forurenset sjøbunn finnes her:  Forurenset sjøbunn (miljodirektoratet.no)