Kommunalområdet er organisert i fem enheter: 

• enhet kultur, aktivitet og mestring
• enhet barnehage
• enhet skole
• enhet bolig, integrering og krisesenter
• enhet Nav

Enhet kultur, aktivitet og mestring består av virksomhet kultur og idrett, og virksomhet forebyggende helse.

Enhet barnehage ivaretar de lovpålagte oppgavene knyttet til barnehageeierrollen og barnehagemyndighetsrollen. Barnehagetilbudet i Moss kommune består av 25 private og 11 kommunale barnehager. 

Enhet skole består av 17 skoler, pedagogisk psykologisk tjeneste (PPT) og skoleeieravdelingen. Enheten forvalter skoleeieransvaret i Moss.

Enhet barnevern, bolig og inkludering er organisert med fem avdelinger og en virksomhet. Avdelingene er boligsosial avdeling, voksenopplæring, krisesenter, flyktningetjeneste og avdeling for enslige mindreårige flyktninger. I tillegg kommer virksomhet barnevern. 

Enhet Nav består av kommunale og statlige tjenester, med en kombinasjon av statlige og kommunalt ansatte. Nav Moss er et partnerskap mellom Moss kommune og Arbeids- og velferdsetaten region Øst-Viken.