Vansjø er demmet opp av raet som ble dannet på slutten av siste istid. Innsjøen er grunn og har en kystlinje på over 20 mil. Vansjø er delt i to hovedbasseng, det nedre med Dillingøya og det øvre (Storefjorden).

I Vansjø finnes to naturreservat: Vestre Vansjø naturreservat (Moss og Rygge) og Moskjæra naturreservat (Råde kommune).

De siste årene har vestre Vansjø vært hjemsøkt av massive oppblomstringer av giftige blågrønnalger. Helsemyndighetene har i perioder nedlagt forbud mot bading i deler av området. Dagens situasjon er resultat av en forfeilet politikk gjennom 50 år.

I 2005 og 2006 ble det gjennomført grundige undersøkelser i og rundt Vansjø. Disse tyder på at årsaken til vestre Vansjøs problemer befinner seg på land og ikke i innsjøen. Undersøkelsene viser at sedimentene inneholder relativt lite fosfor.

Moss kommune har hittil arrangert tre større Vansjøkonferanser. Vansjøkonferansene skal bidra til økt oppmerksomhet og kunnskap om Vansjø og sikre at det langsiktige samarbeidet for å løse forurensningsproblematikken i Vansjø får nødvendig støtte så lenge det viser seg nødvendig.